Journal intime est composé de trois épisodes dans lesquels Nanni Moretti joue son propre rôle dans une sorte de dialogue avec son journal intime comme le suggère le titre.
Le premier épisode, En Vespa, montre l’acteur dans sa promenade en Vespa à travers les quartiers d’une Rome estivale et à moitié déserte, interrogeant des passants.
Dans le second épisode, Les îles, Moretti est en voyage dans les îles éoliennes, fuyant la frénésie de la vie citadine.
Le dernier épisode, Les Médecins, raconte son odyssée, autobiographique et en partie filmée depuis la vie réelle, aux prises avec un lymphome de Hodgkin (tumeur du système lymphatique au pronostic plus favorable en regard du lymphome non Hodgkin), dont il ne s’est rendu compte qu’après une série d’avis discordants, consultations imprécises, soins inutiles et dispendieux. À partir du symptôme d’un prurit en évolution au point de perturber son sommeil, de transpiration et d’amaigrissement, il s’adresse en vain à plusieurs « lumières » de la dermatologie, obtenant seulement de continuelles prescriptions pharmaceutiques, de différents types de shampoings et enfin d’une cure dans une localité balnéaire. Après avoir risqué un choc anaphylactique à cause d’un vaccin qui se révélera inutile, il se tourne vers la médecine orientale. Un médecin acupuncteur lui conseille des contrôles radiographiques ; le scanner semble indiquer la présence d’un sarcome pulmonaire incurable ; l’intervention chirurgicale met cette fois en évidence un lymphome de Hodgkin pour lequel le réalisateur commence des séances de chimiothérapie, qui se déroulent et qu’il filme dans son appartement. En consultant une encyclopédie médicale, Moretti trouve la confirmation de ce que les symptômes de cette maladie sont bien ceux dont il a souffert et dont il a toujours fait état en anamnèse. Déçu (« les médecins savent parler mais pas écouter »,
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